Eugenol stosuje się powszechnie jako płyn do zarobienia past służących do wypełniania kanałów korzeniowych (Endomethasone, Caryosan), jak również do materiałów używanych do tymczasowego wypełniania ubytków oraz do past do pokrycia pośredniego miazgi zębowej (Caryosan, tlenek cynku). Eugenol może być także używany do odkażania kanałów korzeniowych podczas leczenia zgorzeli miazgi, jak również jako tzw. strącalnik przy impregnacji zębiny azotanem srebra.